Sebastian Augustinussen war einige Jahre für die dänischen Erstligisten IFK Kolding Kopenhagen und Skjern Handball in seinem Heimatland aktiv, ehe er zum HBC Nantes wechselte. Der 1,92m große Linkshänder erzielte in der letzten Championsleague Saison 13 Tore für die französische Topmannschaft.

Beim TVB bildet er mit Sascha Pfattheicher das neue Duo auf Rechtsaußen. Sein Vertrag läuft zwei Jahre, bis 30. Juli 2023 hat er bei den WILD BOYS unterschrieben.